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長命種が隠れ潜む現代。新設の戸籍管理窓口に配属された初日、持ち込まれたのは身元不明の長命種による怪死体だった。相棒として現れたのは、少年の外見に百年の狡知を宿した偏屈な鑑識員・夜行院弦。未熟者と小言を叩かれながら、二人は街の闇に沈む怪事件の真相へと踏み込む。